Nakon neuspješnih pokušaja s drugim samostanima, 1. kolovoza 1925. primljena je u kongregaciju Naše Gospe od milosrđa. Svoju postalaturu provela je u Warszawi, potom je premještena u kuću novicijata u Krakow, gdje je za vrijeme samostanog oblačenja dobila ime Marija Faustina te je dodijeljena novicijatu. Nakon dvogodišnjeg novicijata 30. travnja 1928. položila je svoje prve redovničke zavjete. Zatim je kao sestra s jednostavnim zavjetima radila u različitim kućama Kongregacije i to u Warszawi, Vilni, Kiekrzu kod Poznana, Plocku, Biali kod Plocka, i Krakowu.1. svibnja 1933. položila je svoje vječne zavjete. Obavljala je  poslove kuharice, vrtlarice i vratarice. Bila je vedra, tiha i dobronamjerna. Iako na prvi pogled njen život izgleda sasvim obično, jednolično i dosadno, on u sebi krije izuzetno duboku povezanost s Bogom. Ona je još od djetinjstva željela postati sveticom i dosljedno se trudila da postigna taj svoj cilj radeći zajedno sa Isusom za spas izgubljenih duša, pa čak nudeći i vlastiti život kao žrtvu za grešnike. Zbog toga je njen život bio obilježen znakom patnje, no istodobno prožet posebnim mističnim darovima.

 

Već nakon nekoliko tjedana samostanskog života ona se razbolila. Bolovala je od tuberkuloze i bolest joj se vraćala nekoliko puta. U kolovozu 1934. imala je prvi teški napad gušenja. Iako to liječnici još nisu bili utvrdili vjerovatno je to već tada bila tuberkuloza koja se zatim u toj mjeri razvijala da je bolesnica morala 1936. i 1937. provesti nekoliko mjeseci u bolnici u Pradniku kod Krakowa. Godine 1938. provela je posljednjih pet mjeseci svoga života u ovoj bolnici. Prije toga boravila je u nekoliko samostana svoje kongregacije, a najviše je bila u Krakowu, Plocku i Vilni.

Tijekom 13 godina, koje je provela u kongregaciji, imala je brojne izvanredne milosti. Isus joj se ukazivao više puta i nadahnjivao ju da svijetu približi i navijesti Božje milosrđe i da moli Božje milosrđe za cijeli svijet. Ono najbitnije iz njenog života je to što nam je Isus preko nje objavio nove oblike štovanja Božjeg milosrđa: štovanje slike Milosrdnog Isusa s riječima: Isuse, uzdam se u Tebe, štovanje svetkovine Božjeg milosrđa na prvu nedjelju nakon Uskrsa, moltiva krunice Božjeg milosrđa, molitva u sat milosrđa (15 h) i širenje štovanja Božjeg milosrđa.

 

Sav svoj nutarnji život sestra Faustina je po naredbi Isusa i svojih ispovjednika zapisivala u svom Dnevniku u kojem se uistinu nalazi veliko duhovno bogatstvo. Iscrpljena i oslabljena tuberkulozom i patnjama koje je podnosila kao žrtvu za spas grešnika, sestra Faustina umrla je u samostanu Krakow Lagiewniki 5. listopada 1938. godine, u dobi od 33 godine.

 

 Papa Ivan Pavao II. proglasio ju je blaženom 18. travnja 1993., a svetom u Rimu 30. travnja 2000. kada je njezino životno poslanje opisao ovim riječima: „Krist te izabrao da cijelom svijetu naviještaš njegovo nedokučivo milosrđe.“

Zaštitnica je djece, siromašnih obitelji, kućnih pomoćnica, kuharica i kuhara, vrtlara, portira, djevojaka i mladića koji žele u samostan te poljskog grada Lodza.

Spomendan joj slavimo 5. listopada.